一、综合科
科室职责：负责口岸卫生检疫核心能力建设的监督管理工作；负责出入境卫生检疫综合业务工作。
科长：邹建华
联系电话：0411-82583583
二、检疫监测科
科室职责：负责出入境检疫查验、传染病监测的监督管理工作；负责出入境特殊物品卫生检疫行政许可审批工作；负责国际旅行卫生保健中心的监督管理工作。
科长：吴永忠
联系电话：0411-82583589
三、卫生监督科
科室职责：负责出入境卫生监督、卫生处理的监督管理工作；负责口岸卫生检疫行政许可审查、决定和监督管理工作。
科长：姜义霖
联系电话：0411-82583587
四、应急管理科
科室职责：负责口岸突发公共卫生事件应对的监督管理工作；负责口岸核生化恐怖事件防范的监督管理工作。
副科长：杜海方
联系电话：0411-82583585